En el año 2001, el Consejo General Universitario aprueba nombrarla Biblioteca Pública del Estado de Jalisco “Juan José Arreola”, en memoria de quien fuera su director de 1991 a 2000 y director vitalicio hasta su fallecimiento el tres de diciembre de 2001.

A partir del año 2004, por problemas estructurales del edificio que alberga esta Biblioteca los acervos tuvieron que reubicarse, trasladándose los acervos bibliográficos contemporáneos y la hemeroteca actual a un edificio ubicado en Avenida Alcalde # 130, en donde encontramos obras de consulta de carácter general, para todo tipo de usuario, que apoyan los niveles de primaria, medio y superior, además de obras de carácter técnico y otros servicios, así mismo, una abundante colección de publicaciones periódicas actuales, de 1982 a la fecha, cumpliendo así con la misión de la  Biblioteca Pública, ofrecer servicios a todo tipo de usuario. En el edificio de Avenida 16 de Septiembre # 849, se quedaron solo los fondos antiguos, materiales que apoyan investigaciones de tipo histórico en el área de ciencias sociales y humanidades.